Причина в том, что у пользователя не включена возможность ведения учёта по организациям. Поле остаётся недоступным для выбора именно из-за этой настройки прав, а не из-за ошибки в самом справочнике методов распределения.
Как исправить
Нужно зайти в раздел Настройки пользователей и прав, найти конкретного пользователя, у которого возникла проблема, и в его настройках указать значение «Да» в параметре «Учёт по всем организациям».
После того как это значение будет установлено, поле выбора организации в методах распределения косвенных расходов станет активным, и организацию можно будет выбрать без ограничений.
Обратите внимание, что эта настройка применяется индивидуально к каждому пользователю — если проблема наблюдается у нескольких сотрудников, изменить параметр нужно у каждого из них отдельно.