个人所得税计算不正确的原因是员工的纳税扣除申请日期设置错误：申请日期没有从入职之日起计算。因此，2月份扣除没有全额应用，剩余部分自动结转到了以后月份。正是这个结转影响了3月和4月的个人所得税金额——某个月税额偏少，另一个月则偏多。
如何解决
需要核对员工扣除申请的日期，使其与实际入职日期相符。在本案例中，该员工是2月24日入职的——因此申请日期被调整为这一天。之后需要对相应期间的工资进行重新计算。重新计算后，个人所得税开始正确计算，不再出现扣除余额结转及由此导致的应付金额波动。
关于与此前已支付金额的差异
需要单独说明一个经常引起疑问的问题：个人所得税不是加到员工工资上，而是在计算时从中扣除的。如果此前支付给员工的金额与系统计算出的金额不同（例如，由于扣除计算不正确）——这种差异正是由此前实际已支付金额与修正扣除日期后程序计算出的金额之间的差额造成的。
常见问题
为什么扣除没有立即全额应用？ 因为申请日期晚于入职日期，系统无法从期间开始正确分配扣除——其中一部分被"挂起"并结转到了以后月份。
是否需要按每个月手动重新计算？ 修正申请日期后，会针对受影响期间对该员工的工资进行重新计算——此后个人所得税和应付金额会自动正确重新计算。
如果应付金额仍与预期不符该怎么办？ 应当检查此前实际支付的金额是否与系统计算的金额不同——差异通常正是由此造成的，而非当前个人所得税计算存在错误。