Причина в том, что в карточке физического лица не установлен признак нерезидентства — из-за этого система не относит человека к нерезидентам и не подтягивает данные в приложение 200.02.
Как исправить
Зайдите в карточку физического лица, по которому не заполняются данные, и поставьте галочку «Не является налоговым резидентом РК». После этого система будет корректно определять статус сотрудника, и приложение 200.02 должно заполниться нужными данными.
Проверьте эту настройку по каждому физлицу, которое фактически является нерезидентом — если галочка не стоит, программа продолжает считать сотрудника резидентом и не включает его в расчёт по 200.02.