Причина в том, что у "пропавших" счетов-фактур на вкладке ДТ/КТ не было проводок — из-за этого документы не попадали в Извещение. Как только ЭСФ перепровели, проводки сформировались и все счета-фактуры корректно подтянулись.
Как исправить
Откройте проблемные ЭСФ, которые не попадают в Извещение, и проверьте вкладку ДТ/КТ — если проводок там нет, документ нужно перепровести. После перепроведения ЭСФ появится проводка, и при следующем заполнении Извещения он подтянется автоматически.
Если проблема массовая и таких ЭСФ много, стоит перепровести их все по очереди (или групповой обработкой перепроведения документов, если она используется в вашей базе), а затем заново сформировать Извещение — оно должно собрать полный список.