Если извещение не заполняется, скорее всего дело в том, что в него не попадают счета-фактуры, где товар отражён по ставке «Без НДС». Такие ЭСФ система в извещение не включает.
Что с этим делать
Проверьте счета-фактуры, которые не попали в извещение — если в них указана ставка «Без НДС», это и есть причина. Это особенность формирования извещения: строки с товаром без НДС в него не подтягиваются автоматически.