Если в платёжном поручении не получается перебить (изменить) счёт, чаще всего причина в Статье ДДС — именно на неё "привязываются" счета, и они перестают меняться, даже если вы пытаетесь исправить их вручную в документе.
Как это исправить:
1. Создайте новую Статью ДДС с точно такой же настройкой, как у проблемной.
2. В документах (платёжных поручениях), где счёт не менялся, замените старую Статью ДДС на новую.
После этого счёт должен корректно изменяться, поскольку "жёсткая" привязка была именно к старой статье.
Если у вас похожая ситуация — попробуйте не редактировать привязанный счёт напрямую, а именно пересоздать Статью ДДС с нужными параметрами и подставить её в документ.