Причина дублирования строк в расшифровке формы 300 — проведённые аннулированные счета-фактуры. Из-за них в отчёте появляются повторные записи по одному и тому же СФ.
Как исправить
Нужно снять с проведения аннулированные счета-фактуры. После этого лишние записи в расшифровке формы 300 исчезнут, и данные по СФ будут отражаться корректно, без дублей.
Проверьте документы по СФ, которые имеют статус «Аннулирован», и убедитесь, что они не проведены — если проведение стоит, снимите его через карточку документа.