是否需要继续进行分别核算
从合同制度转为许可制度这一事实本身并不意味着可以自动停止税务分别核算。决定性因素并非开展活动所依据文件的名称，而是是否存在《税法典》规定了特殊征税条件的应单独划分类别。
《税法典》第210条将地下资源使用合同、特定活动类型、矿床或矿床组、收入类型、销售营业额、建设项目和税率等列为此类类别。如果转为许可制度后，纳税人仍有按照《税法典》应当单独核算的对象、业务或活动方向，则必须继续进行分别核算。
换言之，仅终止合同并不足以成为合并所有收入、支出及其他核算对象的依据。首先需要核实，是否仍因其他理由而负有《税法典》规定的分别核算义务。
转制后需要核查的事项
公司应当比较转制前后的经营条件。首先需要确定：
- 哪些征税对象属于合同项下活动；
- 哪些权利、义务、资产、收入和支出转入许可项下活动；
- 是否同时开展其他活动；
- 个别业务是否适用不同于一般规定的征税条件；
- 是否需要按矿床、活动类型、收入、营业额或税率进行划分；
- 是否存在无法直接归属于某一类别的共同收入和支出。
对于《税法典》要求分别核算的类别，纳税人无权合并征税对象及其相关对象。因此，应当针对每个应单独划分的类别分别作出决定，而不能仅依据以许可证替代合同这一事实作出决定。
如果转制后不存在进行划分的特殊依据，则可以重新审视核算程序。但是，该结论必须以对适用规范及公司实际经营结构的分析为依据。
实务中如何规范核算
纳税人应在税务会计政策中自行规定税务分别核算的程序。其中必须明确应单独划分的类别清单、共同收入和支出的构成，以及在各单独业务方向与其他活动之间进行分配的方法。
转为许可制度时，建议：
- 对截至转制之日核算的对象、余额、收入、支出和义务进行盘点。
- 确定哪些指标属于已结束的合同期间，哪些属于许可项下活动。
- 核查共同支出的分配规则，并确保其符合实际经营活动。
- 对税务会计政策和内部登记簿作出必要修改。
- 保存能够证明所选核算与分配程序合理性的文件和计算资料。
应特别关注同时涉及合同有效期和后续许可项下活动的业务。不得在各类别之间任意转移这些业务。指标归属的依据应保持一致、有文件证明并在会计政策中予以反映。
最终处理方式取决于许可证的具体条件、对象构成及适用的税收规范。如果转制涉及多个矿床或同时开展其他活动，则在变更核算方式前，宜另行开展税务分析。
常见问题
合同终止后可以立即停止分别核算吗？ — 不可以自动停止。首先需要确定是否仍存在《税法典》规定的其他类别，而相关对象必须按这些类别单独核算。
目前根据许可证开展活动是否有影响？ — 有影响，但仅改变法律依据并不足够。关键在于实际业务，以及相关对象或活动类型是否适用特殊征税条件。
由谁确定共同支出的分配方法？ — 纳税人自行确定该方法并将其载入税务会计政策。该方法应能够合理地在应单独划分的类别与其他活动之间分配支出。
是否需要修改税务会计政策？ — 如果转制改变了应单独划分类别的构成、登记簿或共同收入和支出的分配方式，则应更新会计政策中的相关规定。
可以合并许可项下活动与其他活动的指标吗？ — 只有在《税法典》不要求对其进行分别核算时才可以。如果存在此类要求，则不得为计算纳税义务而合并相关对象。