Такое происходит, когда счета особого порядка были добавлены в настройки уже после того, как документы «Платёжные поручения» были проведены. Программа применила новое правило только к тем документам, которые проводятся после изменения настроек, а старые остались посчитаны по прежней логике — отсюда и лишняя курсовая разница.
Как исправить
Нужно перепровести документы «Платёжные поручения», которые были созданы и проведены до того, как счёт добавили в список счетов особого порядка. После перепроведения программа пересчитает движения с учётом актуальных настроек, и курсовая разница по этим счетам перестанет начисляться.
Если после перепроведения расхождение сохраняется, стоит проверить, что счёт действительно отражён в списке счетов особого порядка корректно, и убедиться, что перепроведены все документы за период, где менялись настройки, а не только один-два.